دربارۀ ملاصدرا ما با یک شخصیت فکری و علمی مواجه نیستیم و حداقل سه ملاصدرا بر اساس آثاری که از ایشان به دست ما رسیده قابل شناسایی است: جوان، میانسال و کهنسال. او در طی حدود هفت دهه از حیات خود به گونه‌ای در تکامل فکر فلسفی ایران تلاش کرده است و این هفت دهه تلاش را می‌توان در سه دوره از همدیگر متمایز نمود.»
وی در همین زمینه افزود: «آیت الله جوادی آملی به عنوان یکی از حکمای حکمت متعالیه در دورۀ معاصر حیات ملاصدرا را به پنج سفر تقسیم می‌کند که به جز دورۀ نخست که دورۀ بالندگی و برکشیدن مادی و دورۀ کودکی او است چهار دورۀ دیگر بر اساس اسفار اربعه، که عنوان بزرگترین کتاب ملاصدرا است، مورد تحلیل قرار گرفته است.
این دیدگاه آیت الله جوادی آملی قابل اعتنا است اما با این حال دوره‌بندی سه گانه بر اساس آثار تولیدی و تلاش فکری ملاصدرا مطرح و سامان یافته است که بر آن است فکر فلسفی و فلسفه سیاسی ایشان را بر اساس تکامل فکری او پی گرفته و طرح نماید.
از این رو ما با یک ملاصدرا مواجه نیستیم و آثار ایشان نیز در یک سطح نیستند و نمی‌توان با همۀ این آثار معاملۀ یکسانی داشت. مهم‌تر این که باید آثار تولیدی خاص ایشان دربارۀ حکمت متعالیه را از سایر آثار ایشان که در دورۀ جوانی نگارش کرده است از همدیگر متمایز کرد.»
استاد لک زایی در ادامه یادآور شد که برخی از آثار ایشان که شرح و تعلیقه بر سایر آثار فلسفی است باید متمایز از دیگر آثار شود. در این میان نباید از اهمیت کار سترگ ایشان در نگارش و تدوین مجموعۀ نه جلدی «الحکمة المتعالیه فی الاسفار الاربعة العقلیة» غافل بود. این اثر فلسفی تبیینگر دستگاه حکمت متعالیه است و تا کنون به مثابه دائرة المعارفی فلسفی کاربرد داشته است.
افزون بر این برخی از آثار مانند رساله «الشواهد الربوبیه فی المناهج السلوکیه» به قلم ملاصدرا فشردۀ مجموعۀ نه جلدی اسفار اربعۀ عقلی ایشان است و برای فهم دستگاه فکری ملاصدرا و برای ورود تفصیلی به حکمت متعالیه می‌توان به این اثر مراجعه کرد. عموم دانشجویان برای ورود به فلسفه صدرایی و قبل از مطالعۀ اسفار اربعه از خوانش این اثر آغاز می‌کنند.
در کنار این مطلب، تفسیر ایشان بر برخی از سوره‌ها و آیات قرآن کریم و نیز شرح اصول کافی و رساله مفاتیح الغیب ملاصدرا در آخر حیات ایشان از برجستگی خاصی برخوردارند. همین طور برخی از آثار اجتماعی و سیاسی ایشان مانند رسالة سه اصل، کسر اصنام الجاهلیه، ایقاظ النائمین، المظاهر الالهیه و مثنوی ملاصدرا در این زمینه قابل اعتنا است. از این رو می‌توان در یک صورت بندی از آثار ایشان به موارد زیر اشاره کرد:
آثار فلسفی شامل: اسفار اربعه، مبدأ و معاد، الشواهد الربوبیه، عرشیه، شرح هدایه اثیریه، حواشی و تعلیقات بر شفاء و حکمت الاشراق و….
آثار فلسفی، سیاسی و اجتماعی شامل: رساله سه اصل، کسر اصنام الجاهلیه، ایقاظ النائمین، المظاهرالالهیه، مثنوی و….
آثار فلسفی، تفسیری و حدیثی شامل: تفسیر قرآن کریم، شرح اصول کافی، مفاتیح الغیب و….
دکتر لک زایی افزود: «مباحث عرفانی نیز در غالب این آثار وجود دارد. افزون بر این که ملاصدرا رساله‌ای با عنوان شواهد الربوبیه دارد که در آن 187 ابتکار و نوآوری خودش را طرح کرده توضیح داده است که برای فهم حکمت متعالیه اثری قابل اعتنا است.
امروزه با بحث امتداد اجتماعی و سیاسی این حکمت و طرح بحث فلسفه سیاسی متعالیه، منابع ملاصدرا مورد تأمل و پرسش‌های جدیدی واقع شده و از منظر فلسفه سیاسی اهمیت یافته و خوانش می‌شود.
در باب طرح فکری و آثار نگارش شده توسط ملاصدرا که بالغ بر پنجاه مجلد است تا کنون کمتر گفت‌وگو شده است. به نظرم ملاصدرا در دورۀ صفویه متوجه خلأهایی در فلسفه اسلامی می‌شود. بنابراین به سمت تأسیس یک فلسفۀ نوین متمایل می‌شود.
به نظرم این طرح تا زمان به تکامل رسیدن از سه مسیر عبور کرده است که عبارتند از:
یکم. شناخت اندیشه ها و آشنایی با منابع فکری فلسفی گذشته
دوم. ارائۀ طرح پژوهشی و دستگاه فلسفی نوین
سوم. تعمیق و تطبیق دستگاه فلسفی با مسائل جامعه»
عضو هیات علمی پژوهشگاه علوم و فرهنگ اسلامی تاکید کرد: «این دوره از حیات ملاصدرا که گاهی به نظر می‌رسد درهم تنیده با دورۀ دوم و تکمیل آن است، تأمل در مسائل جامعه با بهره‌گیری از برهان و قرآن و عرفان اتفاق می‌افتد. در این دوره ملاصدرا به سراغ منابع درجۀ اول اسلامی می‌رود و در تلاش است به تکامل دستگاه فلسفی خود بپردازد. علاوه بر این با توجه به این که ظاهرگرایی و عرفان‌های کاذب در دورۀ صفویه حضور چشمگیری در جامعه دارند، ملاصدرا به نقد آنان نیز پرداخته است. برای مثال رساله کسر اصنام الجاهلیه و رساله سه اصل در زمینه نقد وضعیت اجتماعی و سیاسی ارزیابی می‌شود.
بر این اساس می‌توان گفت طرح ملاصدرا اولاً در تداوم فلسفه اسلامی است و او با نظام بخشی به حکمت متعالیه به ارتقای فلسفه اسلامی مبادرت ورزیده است. ثانیاً این طرح را در خدمت به جامعه و انسان قرار داده و برای ارتقای انسان تلاش کرده است. درواقع ما در آثار ملاصدرا به تعبیر سید حسین نصر با حکمتی جدید مبتنی بر تفسیر تازه‌ای از حقایق و به ویژه در نگاه به انسان مواجهیم. از این رو تأمل در موضوع انسان و حرکت انسان و سفر عقلی انسان و پیامدهای اجتماعی و سیاسی آن در آثار ملاصدرا مورد توجه است.»
